中药的对因治疗功效不外是祛邪、扶正、调理脏腑功能，以纠正人体阴阳偏盛偏衰的病理现象，使之在最大程度上恢复正常状态。例如麻黄发散风寒、黄连清热解毒属于祛邪去因功效；人参大补元气、当归补血属于扶正补虚功效；而柴胡疏肝解郁、石决明平肝潜阳等则属于调理脏腑功能之功效。将中药的对因治疗功效从作用上划分为以上三类也是相对的，具体到一些药物功效上往往难以截然区分。如冰片清热止痛，将“清热”与“止痛”视为并列的两种作用，则前者为对因的祛邪功效，后者为治标的对症功效，若将此二者视为因果关系，其分类的归属恐怕就不那么简单了。如果将各种中药分别作为一个独立的整体来看，常常集多类功效于一身。如白术健脾，属于扶正功效，而燥湿又属于祛邪功效；地榆清热解毒属于祛邪功效，收敛属于调整脏腑功能功效，而止血则用以治标以缓解出血的症状。这些功效分类中的麻烦，是由于药物作用的复杂多样性造成的，也是十分正常的现象。对因治疗功效又可分为以下两种：
1.对证功效
“证”又称为“证候”，为中医学的特有概念，是对疾病所处一定阶段的病因、病性、病位等作出的病理性概括。“证候”经常是疾病的一种即时状态，辨证也就是对疾病当前本质所作出的诊断。因而对证功效，只是针对中医所特有的“证”发挥治疗作用的功效。如疏散风热，主要针对“风热表证”发挥治疗作用；清热燥湿，主要针对“湿热证”发挥治疗作用；活血化瘀，主要针对“血瘀证”发挥治疗作用等等。由于对证功效与特定的证候紧密相连，中医辨证施治中才使理法方药形成一个有机的整体。对证功效既是药性理论产生的基础，又是临床用药的主要依据。例如麻黄发散风寒，既可推测其药性为辛温，归肺经，又可推测其主治为风寒表证。对证功效是药性理论与临床应用联系的桥梁和纽带，不仅具有直接的实践指导意义，而且具有重大的理论价值。既然功效产生于临床实践，就必然会反映中医辨证论治的特征。
随着中医临床医学的进步，辨证论治已成为诊疗的主体，在药物的诸多功效中，对证功效也就成为各类功效中最基本的功效，在各类功效中居于主导地位，是中药功效研究的重点。对证功效与证之间具有相互统一和明显的对应关系，通过对证功效可以推测其适应证。例如化痰与痰证、滋阴与阴虚证、疏肝与肝郁证等等，自然密不可分。所以，对证功效的应用，也必须以证为前提。中医有各种不同的辨证方法，诸如八纲辨证、脏腑辨证、六经辨证、三焦辨证、卫气营血辨证、气血津液辨证等，因而就有各种不同的证型，均从不同的角度反映了疾病当前阶段的不同本质，为对证功效的概括奠定了基础。
学习对证功效必须与证结合起来认识才能使功用丝丝入扣，执简驭繁。对证功效在层次上的不断分化，正是为了使药物作用与证候有机地联系起来。所以，对证的中药功效具有多层次性，并与不同层次的证相对应。例如八纲辨证有热证，中药功效则相应有清热；而卫气营血、脏腑等不同层次的辨证，又可辨出气分、血分、心脏、肺脏等不同层次的热证，中药功效亦相应有清气、凉血、清心、清肺等不同层次的清热概念。对证功效的分化是随着实践和理论的发展而深入的，从对证功效层次的分化程度可以透视出功效认识发展的水平，也是未来中药学学术发展的最活跃部分。
2.对病功效
“病”是对疾病全过程的特点与规律所作出的概括，不同的疾病，代表着该病种的基本矛盾。对病功效就是针对中医的“病”发挥治疗作用的功效。如截疟、驱蛔等，分别针对疟疾、蛔虫病发挥治疗作用。一般而言，对病功效对于所适宜的疾病，不论其寒热虚实、男妇老幼，皆有确定的疗效，体现了中医临床亦常辨病施治的特色。徐灵胎《医学源流论》说：“欲治病者，必先识病之名……一病必有主方，一病必有主药。”疾病在病变过程中，可以千变万化，但其基本矛盾贯穿于疾病的始终，抓住疾病的基本矛盾，选择适宜的对病功效药物，发挥治疗作用，亦是十分重要的。
由于一些人过分强调了辨证论治的价值，忽略了辨病论治的地位，导致中医对“病”的概念模糊，常常病证不分，或以症代病。如“痹”本来就是一个病名，而书中多称痹证；“咳嗽”本来就是一个症状，而多作疾病名看待。因此，对病功效的确定就显得不够规范，常常与对证功效、对症功效相混淆，对指导临床辨病用药具有很大的局限性。再加之多数疾病都有一个漫长的病变过程，在这个过程中，每个阶段的病理变化是不尽相同的。每个病种演变过程的一般规律往往可以体现为不同的证候。因此，对于疾病治疗最终的归属和落脚点，往往会落实到对证功效药物的运用上来。若单纯应用对病功效的药物，不仅疗效大多欠佳，甚至有时是难以奏效的。习惯思维认为，对证功效的运用似乎不受辨病的限制，凡病异证同者，皆可选用对证功效的药物进行治疗，以体现中医“异病同治”的治疗法则。其实，在“异病同治”中结合不同病的特点给药，即辨证与辨病有机结合，常常可以清晰判断疾病的演变和预后，从而提高疗效。
应当承认，对病功效其应用要受到对证功效的一定制约。诚如丹波元坚《药治通义》所云：“然病虽一，而其证不均，倘帝云治某病，则浅学无所下手。”由于病同证异者，治疗以对证功效为主，对病功效为辅，对病功效从属于对证功效，所以，记述明确对病功效的中药不多。但认识中药的对病功效，在“异病同治”时又是十分重要的，因此中药的对病功效在总结药物功效时不应被忽视。在当前的中药新药研发管理中，对于中药复方的临床作用定位，既要明确西医的病种，又要规定中医的证候。这对于研发诸如六味地黄丸、逍遥散之类擅长治“证”，而难以治“病”的处方，设置了难以逾越的障碍，严重影响了中医药特色和优势的发挥。但在这种研发模式的促使下，引起对辨病论治的必要